Отражение в учете расчетов с обособленными подразделениями

Добрый день!
Находимся на УСН (доходы минус расходы — плательщики НДС). Работаем в 1С Фреш — Бухгалтерия предприятия, редакция 3.0 (3.0.191.41).
Получаем счета от обособленного подразделения, оплачиваем ему. В счете указаны реквизиты для платежного поручения «обособки». В УПД Поставщика указано, что продавец — головная организация, а грузоотправитель обособленное подразделение. Как правильно производить оплату: головной организации или обособке? Как заносить в 1С счет, УПД от Поставщика, чтоб потом в акте сверки с головной организацией были видны поступления и оплата?